Proses penyortiran dilakukan dengan menggunakan mesin yang disebut mesin grading. Biji kopi yang tidak dapat diterima, seperti biji berwarna hitam, biji berwarna coklat, biji yang pecah dan biji yang rusak karena hama kemudian disortir secara manual.

Penyimpanan biji kopi harus dilakukan di lingkungan yang bersih dengan sirkulasi udara yang baik di gudang penyimpanan. Sirkulasi udara sangat penting untuk memastikan bahwa kadar air pada biji kopi tetap stabil.

Penyimpanan harus dilakukan di tempat yang terpisah dari produk yang memiliki bau yang kuat seperti cengkeh, bawang putih, karet dan kayu manis, karena biji kopi dapat menyerap baunya.

Kantong-kantong yang digunakan untuk menyimpan biji kopi juga harus bersih. Biji kopi tidak boleh dimasukkan ke dalam kantong-kantong yang sebelumnya telah digunakan untuk rempah-rempah lain karena dapat mengontaminasikan biji kopi dan mempengaruhi rasanya.

Biji kopi dari Dataran Tinggi Gayo biasanya disimpan oleh penjual dan eksportir.